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Laut Wissenschaft besiedelten Mikroorganismen vor ca. 3,5 Milliarden Jahren als erste Lebewesen die Erde. Bakterien und Pilze blieben über die längste Zeit der Erdgeschichte die einzigen Bewohner.
Sie sind bis heute an allen Vorgängen in der Natur maßgeblich beteiligt. Durch ihre Vielfalt und Unterschiedlichkeit bringen sie alle Kreisläufe des Lebens in Gang, halten sie in Bewegung und verbinden sie miteinander.
Seit 100 Jahren haben sich die Lebensgewohnheiten der Menschen in den meisten Ländern der Erde stark verändert. Vor allem durch die Industrialisierung, die Intensivierung der Landwirtschaft und ein zunehmend übertriebenes Hygieneverständnis ist die sensible Gemeinschaft der natürlichen Mikro-Organismen aus dem Gleichgewicht geraten.
Effektive Mikro-Organismen wurden Anfang der achtziger Jahre in Japan vom Agrarwissenschaftler Teruo Higa als Bodenhilfsstoff entwickelt, um Mineraldünger und Pflanzenschutzmittel schrittweise zu ersetzen.
Es wurde aber schnell deutlich, dass Effektive Mikro-Organismen auch in Tierhaltung, Haushalt, Umwelt, und Industrie eingesetzt werden können. Effektive Mikro-Organismen haben sich zuerst in Japan und einigen Schwellenländern wie Thailand und Brasilien verbreitet und sich dann in den letzten dreißig Jahren langsam ihren Weg nach Europa gebahnt.
Seit ca. 1995 gibt es Effektive Mikro-Organismen auch in Deutschland, Österreich und der Schweiz.